Năm 1648, chúa Thượng Nguyễn Phúc Lan đột ngột qua đời, Thế tử Nguyễn Phúc Tần mời chú là Nguyễn Phúc Trung lên gánh vác việc nước, song ông này từ chối.

Nguyễn Phúc Tần lên ngôi ở tuổi 29, thường được gọi là chúa Hiền. Quần thần tôn ông làm Tiết chế Thủy bộ Chư dinh kiêm Tổng Nội ngoại Bình chương Quân quốc Trọng sự Thái bảo Dương Quận công (勇郡公).

Năm 1653, chúa Hiền sai đắp đồn Sa Chùy (ở cửa biển Nhật Lệ, bấy giờ gọi là lũy Mũi Dùi).

Quân sự

Tháng 3 năm 1653, Chúa Hiền cho mở một cuộc duyệt binh lớn ở xã An Cựu[5], xét khí giới cùn sắc để định thưởng phạt.

Theo Đại Nam thực lục tiền biên, lực lượng thủy binh Đàng Trong thời Chúa Nguyễn Phúc Tần có khoảng 22740 quân, bao gồm:[6]

• Cơ Trung hầu 10 thuyền, 300 người.
• Nội bộ 60 đội thuyền, hơn 3.280 người.
• 2 cơ Tả trung và Hữu trung, mỗi cơ 14 thuyền, đều hơn 700 người.
• Nội thủy 58 thuyền, 6.410 người.
• Cơ Tả trung kiên 12 thuyền, 600 người.
• Cơ Hữu trung kiên 10 thuyền, 500 người.
• 2 cơ Tả trung bộ và Hữu trung bộ, mỗi cơ 10 thuyền, đều 450 người.
• Cơ Tiền trung bộ 12 đội, mỗi đội 5 thuyền, cộng 2700 người.
• 4 cơ Tả dực, Hữu dực, Tiền dực, Hậu dực, mỗi cơ 5 thuyền, cộng hơn 1100 người.
• 4 đội Tiền thủy, Hậu thủy, Tả thủy, Hữu thủy, mỗi đội 5 thuyền, đều hơn 500 người.
• 8 cơ Tả nội bộ, Hữu nội bộ, Tiền nội bộ, Hậu nội bộ, Tả súng, Hữu súng, Tiền súng, Hậu súng, mỗi cơ 6 thuyền, cộng 2100 người.
• Dinh tả bộ 10 thuyền, cộng hơn 450 người.
• 4 đội Tiền bính, Hậu bính, Tả bính, Hữu bính, mỗi đội 4 thuyền, đều hơn 200 người.
• Cơ Tả thủy 5 thuyền, hơn 200 người.

Thi cử

Năm 1674, Chúa Nguyễn mở khoa thi gọi là thi chính đồ và thi hoa văn. Thi chính đồ chia ra làm ba kỳ: Kỳ đệ nhất thi tứ lục, kỳ đệ nhị thi thơ phú, kỳ đệ tam thi văn sách. Thi hoa văn thì cũng phải ba ngày, mỗi ngày chỉ phải làm có một bài thơ mà thôi. Ai đậu thì được bổ vào làm việc ở Tam ti.

Quan tri phủ tri huyện làm sơ khảo, quan cai bạ, ký lục, vệ úy làm giám khảo. Những quyển đậu, thì chia ra làm ba hạng: Hạng thứ nhất gọi là giám sinh, được bổ ra làm tri phủ, tri huyện; hạng thứ nhì gọi là sinh đồ được bổ làm huấn đạo; hạng thứ ba cũng gọi là sinh đồ được bổ làm lễ sinh, hoặc làm nhiêu học.

Vụ Thị Thừa

Có người con gái là con hát, quê Nghệ An nhan sắc xinh đẹp tên là Thị Thừa được lấy vào cung phục vụ chúa. Chúa Hiền lúc đó nhân đọc sách Quốc ngữ, đọc tới chuyện Ngô vương là Ngô Phù Sai mất nước vì nàng Tây Thi liền tỉnh ngộ, lập tức sai Thị Thừa mang ngự bào cho chưởng dinh Nguyễn Phúc Kiều, giấu bức thư trong dải áo, ngầm sai Kiều dìm nước để giết Thị Thừa đi[7][8]. Theo Phủ biên tạp lục của Lê Quý Đôn: "Từ đó chăm việc giảng võ, sửa sang khí giới, chiêu mộ người có đảm, có sức, tập trận voi, luyện thủy quân, mưu đồ tiến lấn ra ngoài bờ cõi".[9]

Đối ngoại

Chăm Pa

Năm 1651, Quốc vương Chiêm Thành Po Rome mất, Po Nraup lên làm Quốc vương kế vị. Theo sử Chăm, Po Nraup là em cùng mẹ khác cha của Po Rome.

Năm 1653, vua nước Chiêm Thành là Po Nraup sang quấy nhiễu ở đất Phú Yên, chúa Hiền liền sai quan cai cơ là Hùng Lộc lãnh 3000 quân sang đánh. Quân đến Phú Yên, tiếp tục vượt đèo Hổ Dương núi Thạch Bi, nhân lúc đêm tối đánh thẳng vào thành, phóng lửa đánh gấp, cả phá được. Po Nraup trốn chạy. Po Nraup sai con là Xác Bà Ân dâng thư xin hàng. Chúa Hiền thuận y cho, lấy sông Phan Rang làm ranh giới. Vùng phía Đông sông đến địa đầu Phú Yên (vùng Kauthara) đặt làm 2 phủ Thái Khang[10] và Diên Ninh[11]. Đặt dinh Thái Khang[12] do Hùng Lộc trấn giữ. Phần phía Tây sông (vùng Panduranga) vẫn thuộc về Chăm Pa, và bắt giữ lệ cống[13].

Sang năm 1654, trấn thủ dinh Bố Chính là Xuân Sơn vào tiếp quản dinh Thái Khang, nhằm kinh lý vùng đất mới chiếm được, tổ chức di dân bình ổn dinh Thái Khang, thu gom nguồn tài nguyên hương liệu nhằm khuếch trương cảng Hội An.

Chân Lạp

Bên cạnh Vương quốc Chiêm Thành, tình hình Vương quốc Chân Lạp bấy giờ cực kỳ rối ren, chú cháu anh em tranh quyền đoạt vị, tàn sát lẫn nhau, vị vua mới lên ngôi lại theo đạo Hồi gây ra xung đột giữa các tầng lớp dân.

Năm 1658, hai con còn sống sót của Preah Outey là Ang Sur và Ang Tan dấy binh chống lại vua Chân Lạp Ramathipadi I (Nặc Ông Chân) nhưng thất bại. Hai người này tìm kiếm lời khuyên của Thái hậu Ngọc Vạn, Ang Sur và Ang Tan đã cầu cứu chúa Phúc Tần.

Chúa Hiền liền sai Phó tướng dinh Trấn Biên (Phú Yên) là Nguyễn Phước Yến dẫn 3000 quân đến thành Hưng Phước (bấy giờ là Mỗi Xuy, nay thuộc huyện Phúc An, tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu), phá được thành rồi tiến vào bắt Ramathipadi I bỏ vào lồng sắt đem về giam ở Quảng Bình. Năm 1659, Ramathipadi I đã được phóng thích vì chúa Hiền muốn ông ta gây ảnh hưởng lên người kế nhiệm, nhưng ông ta đã chết trên đường trở về Vương quốc.

Nhờ sự can thiệp của người Việt mà Ang Sur được làm Quốc vương, xưng là Barom Reachea V, đóng tại Long Úc (Oudong); Ang Nan (Nặc Nộn) làm Phó vương đóng tại thành Sài Gòn. Đổi lại các Quốc vương Chân Lạp phải thần phục Đàng Trong và thực hiện triều cống định kỳ. Vì sự phụ thuộc quá lớn vào Chúa Nguyễn Đàng Trong, dẫn tới hệ quả người Việt tràn đến sinh sống và kiểm soát những vùng đất thuộc Chân Lạp.

Tháng 12 năm 1672, Quốc vương Barom Reachea V bị Bô Tâm[14] giết chết rồi cướp ngôi, Bô Tâm xưng là Chey Chettha III.

Ang Tan (Nặc Ông Tân), chú của Chey Chettha III, chạy sang cầu cứu Chúa Nguyễn. Nhưng ngay sau đó tháng 5 năm 1673, Chey Chettha III cũng bị giết trên giường ngủ bởi người Mã Lai thuộc phe của Ramathipadi I.

Ang Chea (Nặc Ông Đài), con trai đầu của vua Barom Reachea V lên ngôi sau đó, xưng là Keo Fa II.

Năm 1674, Nặc Ông Đài đã đi cầu viện Ayutthaya (Thái Lan) để đánh Nặc Ông Nộn, và chiếm được thành Sài Gòn. Ang Nan (Nặc Ông Nộn) bỏ chạy sang cầu cứu ở dinh Thái Khang (nay là Khánh Hòa). Đồng thời, Ông Đài cho đắp thành lũy ở địa đầu Mỗi Xuy; làm cầu phao và xích sắt, đắp thành Nam Vang; nhờ Xiêm cứu viện để chống lại Chúa Nguyễn.

Chúa Hiền bèn sai Cai cơ đạo Nha Trang là Nguyễn Dương Lâm cùng với Nguyễn Đình Phái làm tham mưu đem binh chia ra hai đạo sang đánh Nặc Ông Đài.

Tháng 3 năm 1674, quân tiên phong của Nguyễn Diên đến trước đánh úp lũy Mỗi Xuy[15], rồi chiếm được lũy, mấy ngày sau quân Cao Miên các nơi họp lại vây đánh rất dữ, nhưng Nguyễn Diên đóng giữ cửa Lũy mà không ra đánh.

Khi đại binh của Nguyễn Dương Lâm ập đến, Diên bèn cùng hợp sức ra đánh, quân Cao Miên tan vỡ, bị chết và thương rất nhiều. Sau đó, đại binh tiến đến Sài Gòn.

Tháng 4 năm 1674, phá được 3 lũy: Sài Côn (đất trấn Phiên An), Gò Vách và rồi tiến quân lên vây thành Nam Vang. Nặc Ông Đài phải bỏ thành chạy vào rừng, bị thuộc hạ giết chết. Nặc Ông Thu ra hàng. Nặc Ông Thu là chính dòng con trưởng cho nên lại lập làm chính quốc vương đóng ở Long Úc (thành Vũng Luông), để Nặc Ông Nộn làm đệ nhị quốc vương như cũ, đóng ở thành Sài Gòn, bắt hằng năm phải triều cống[16].

Lại còn gia phong cho Nguyễn Dương Lâm làm Trấn thủ dinh Thái Khang (Khánh Hòa) lo việc phòng ngự ngoài biên. Chúa Nguyễn làm chủ tình thế cả vùng Đồng Nai.

Năm 1679, có quan Nhà Minh là tổng binh trấn thủ đất Long Môn (Quảng Tây) Dương Ngạn Địch, phó tướng Hoàng Tiến, tổng binh châu Cao, châu Lôi, và châu Liêm (thuộc Quảng Đông) là Trần Thượng Xuyên, phó tướng Trần An Bình, không chịu làm tôi Nhà Thanh, đem 3000 quân cùng 50 chiếc thuyền xin được vào Kinh bằng hai cửa Tư Dung và Đà Nẵng (nay là cửa Hàn thuộc Quảng Nam). Dâng sớ xin được làm dân mọn xứ Việt.

Chúa Hiền thấy họ cùng quẫn mà chạy sang, lại tỏ bày lòng trung thực, vả lại xứ Đông Phố (một tên khác của đất Gia Định xưa) của nước Cao Miên, đất đai màu mỡ có đến ngàn dặm, triều đình chưa rỗi để lo liệu, chi bằng tận dụng sức lực của họ, giao cho họ khai hoang đất đai để ở. Nghĩ vậy, triều đình tổ chức khao đãi ân cần, chuẩn y cho giữ nguyên chức hàm, phong cho quan tước rồi lệnh cho tới Nông Nại (Đồng Nai) khai hóa đất đai. Mặt khác, triều đình còn hạ chỉ dụ cho Quốc vương Cao Miên (Thủy Chân Lạp) biết việc ấy để không xảy ra chuyện ngoài ý muốn[16].

Bọn tướng Long Môn họ Dương đem binh thuyền tiến vào cửa Xoài Rạp (nay gọi là Lôi Lạp (Soi Rạp)) và cửa Đại cửa Tiểu (thuộc trấn Định Tường) dừng trú tại xứ Mỹ Tho (là trấn lỵ của Định Tường). Bọn tướng các xứ Cao, Lôi, Liêm họ Trần thì đem binh thuyền tiến vào cửa Cần Giờ rồi đồn trú tại xứ Bàn Lân thuộc Đồng Nai (là lỵ sở trấn Biên Hòa), đất Lộc Đã (tức là đất Đồng Nai thuộc Biên Hòa).

Họ lo mở mang đất đai, lập thành phố chợ, giao thông buôn bán. Tàu thuyền người Hoa, người phương Tây, người Nhật, người Chà Và (người gốc Java), tụ tập tấp nập, phong hóa Trung Quốc dần dần lan ra thấm đượm cả vùng Đông Phố[16].